Блин, ну вообще-то, действительно, не должно так быть. Теплосъём плохой? Либо контур бойлера зажат где-то, если с новья так работает.
Насосы оба на плату котла заведены?
Только в отличие от этой схемы, проток теплоносителя к бойлеру осуществлен через выключенный в тот момент насос перед котлом Ставьте насосы так, чтобы не было протока через неработающий, он создает сопротивление. Или верните как было через гидрострелку.